Arion Sherwind und sein gefeiertes Fußball-Team melden sich mit einem neuen Abenteuer zurück. Aber an der Raimon Junior High ist nichts mehr wie es sein sollte, denn die berühmten Kicker finden sich in einer tristen Welt ohne Fußball wieder. An der Seite von Arion müssen die Nintendo-Spieler das geheimnisvolle Verschwinden ihres Lieblingssports aufklären und ihm seinen Platz zurück erobern. In Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Flammenwall und Inazuma Eleven GO Chrono Stones: Donnerknall reisen sie durch die Zeit, um die ultimative Elf zusammenzustellen und den Fußball vor dem endgültigen Aus zu bewahren.