Einige Jahre nachdem die Erweckung Arfoires abgewendet werden konnte, lebt Gamindustri immer noch in Frieden ohne besondere Vorkommnisse. Die CPUs und ihre jüngeren Schwestern genießen ihr friedliches und glückliches Leben. Bis der CPU von Planeptune, Neptune, eines Tages in eine andere Dimension geschickt wird. Die neue Dimension unterscheidet sich nicht groß von ihrer vorherigen, bis Neptune dann bemerkt, dass es sich um das Gamindustri der 80er Jahre handelt. Hier treibt eine Gruppe von Schurken mit dem Namen Seven Sages ihr Unwesen. Ziel der Seven Sages ist es eine neue Welt ohne CPUs zu erschaffen. Mit der Hilfe ihrer neuen Freunde und dem CPU der neuen Dimension, Plutia, liegt es nun an Neptune ein völlig anderes Gamindustri zu verteidigen.

Features:
- Dynamische Kämpfe: Freies Bewegen der eigenen Einheiten, um Feinde effizient zu attackieren. Mit Hilfe von Combos und Finishing Moves kann maximaler Schaden erreicht werden.
- Neuartiges Scout System: Das Aussenden von Scouts dient zum erforschen der Dungeons und zum sammeln von nützlichen Informationen. Scouts lassen sich hochleveln, sodass keine Geheimnisse verborgen bleibt.
- Neuartiges Flag System: Zerstöre oder repariere flag Stationen in Dungeons, um verschiedene Ereignisse zu aktivieren, wenn die Scouts vom Erforschen zurück sind. Dies bringt entweder neue Itmes oder beeinflusst die Gegner zu deinem Vorteil. - Crafting System: Das Sammeln und Brennen leerer Spiele Discs mit verschiedenen Daten ermöglicht dem Spieler versteckte Fähigkeiten zu erlangen. Kombiniert man die Daten richtig, so erhält man zb. ein göttliches Spiel. Hauptfigur und Gefährten lassen anschließend sich mit diesen Fähigkeiten ausstatten.