Gekidnapped und in eine mysteriöse Lagerhallte verschleppt, erwacht Sigma in einem Fahrstuhl zusammen mit einem Mädchen namens Pi. Schnell findet er heraus, dass noch sieben weitere ein krankes Spiel um Leben und Tod unter Führung eines mysteriösen Hasens mit dem Namen Zero III spielen müssen. Die Aufgabe: Überleben und dem Lagerhaus entkommen. Aber mit all den Geheimnissen, Verrätern und Intrigen, wer wird der Hölle letztendlich entkommen?

Virtues Last Reward ist der Nachfolger von 9 Hours, 9 Persons, 9 Doors mit einigen alten Bekannten, die auch diesmal wieder im Spiel auftauchen. In dem 3D-Spiel gibt es zwei Arten des Gameplay: Novel and Escape. Spieler können so das Ergebnis des Spiels drastisch verändern und komplizierte Puzzle und Aufgaben lösen. Es gibt verschiedene Enden, aber Virtues Last Reward kann auf verschiedenen Zeitlinien gespielt werden. Nur so können Spieler das einzig wahre Ende der Geschichte herausfinden.